L'apparition de taches noires, ou mélanose, est un phénomène fréquent chez le poisson rouge et ne présage rien de bon en général, mais l'apprentissage de la cause vous aidera à identifier le problème du plus benin au plus grave et à prendre les mesures adéquats. 

Changement de couleur :
La première question à se poser est de savoir si votre poisson rouge ne change pas de couleur. En général la teinte noire s'estompe avec le temps mais il arrive que l'inverse se produise. Cela reste peu fréquent mais pas impossible.

Signe de cicatrisation :
Apparition de petites zones noires en forme de tache (parfois marrons d'ailleurs) sont signe d'une cicatrisation de petites plaies parfois non visibles à l’œil nu.

Brûlures à l'ammoniac :
Des taches noires qui apparaissent sur les écailles, le bord de la bouche, le bord des voiles, les joues, et parfois sur l'ensemble du corps peuvent révéler que le poisson a été soumis à une brusque montée d'ammoniac. En effet l’ammoniac est une substance azotée qui a pour effet de bruler le poisson et de le noircir (cicatrisation). Dés que des taches apparaissent le premier réflexe est de faire un test d'ammoniac et si le taux se révèle positif de faire un changement d'eau d'au moins 50%, puis de vérifier l'état de sa filtration en n'omettant pas de faire le point sur sa maintenance.
Une fois dans une eau de bonne qualité, les taches disparaissent seules.

La migration de mélanophore :
Il s'agit d'une réaction au stress. La migration de mélanophore se caractérise par des taches noires se formant sur un poisson sain. Le mélanophore est un pigment dont une des cellules commande l'intensité de la couleur. C'est ce procédé qui permet à des poissons de changer de couleur pour se cacher. Le stress du à une mauvaise qualité de l'eau ou une infection secondaire infligée par une infestation de parasites peuvent provoquer une migration de mélanophore. Des changements d'eau sont la solution pour traiter ce problème, une fois la qualité d'eau revenue  la couleur d'origine du poisson revient progressivement. 

La maladie des points noirs :
Il s'agit d'une parasitose provoquée par les larves d'un vers trématode, le Plosthodiplostonum  cuticola qui s'enkystent sous la peau et sur la queue du poisson. Le kyste provoque une réaction de l'organisme qui produit de la mélanine, d'où la coloration noirâtre. Si un des poissons d’aquarium est infecté, la parasitose ne se propage pas car le cycle de vie de ce trématode passe obligatoirement par de petites limaces et par des oiseaux aquatiques. Vous l'avez compris c'est une maladie que l'on  rencontre dans les bassins, sauf si toute fois dans l'aquarium existent des limaces asiatiques susceptibles de véhiculer la maladie. Quoi qu'il en soit l’utilisation de praziquantel vient à bout de la maladie.(Source: Les maladies des poissons d'aquarium, M.MILLEFANTI)

Infection bactérienne :
Des taches noires peuvent survenir lors d'une infection bactérienne. C'est souvent le signe du stade final de la maladie.